L'ouragan Maria, une tempête de catégorie cinq, a traversé Porto Rico et les îles Vierges le 21 septembre. 15 personnes ont été tuées à Porto Rico et la tempête a provoqué une coupure de courant généralisée à toute l'île. L'ouragan a été décrit comme l'orage le plus dévastateur que le territoire a connu au cours des cent dernières années.
Maria s'était affaibli brièvement à la catégorie 4 après avoir détruit la Dominique, mais depuis il a repris en puissance. Plus de 12 000 personnes se sont réfugiées dans 500 abris d'urgence avant la tempête à Porto Rico, qui a laissé des inondations généralisées d'un demi-mètre de profondeur dans certains endroits. Beaucoup de maisons, en particulier celles construites en bois, ont été aplaties par les vents forts accompagnant Maria ou inondées dans les eaux de crue qui en ont résulté. On craint qu'il fasse des mois pour restaurer l'alimentation électrique de l'île, en considération des dégâts causés au réseau électrique de l'île.
L'orage a laissé beaucoup de personnes bloquées par les eaux et a presque paralysé le réseau de communication, rendant les efforts de secours et les évaluations des dommages difficiles. Les premières estimations suggèrent que San Juan, sur la côte, a particulièrement souffert, avec 80% des habitations souffrant au moins de certains dégâts.
L'île héberge encore des personnes évacuées d'autres îles voisines des Caraïbes qui ont été touchées par l'ouragan Irma, qui a évité de justesse Porto Rico.
Aux Iles Vierges américaines, une personne a été tuée alors que la tempête passait tout près, affectant particulièrement l'île de Sainte-Croix
